4 сезон сериала Первый отдел начинается с отстранения полковника юстиции Юрия Брагина от должности. Его обвиняют в содействии оперативнику Михаилу Шибанову в уклонении от ареста. Шибанов арестован и подозревается в превышении полномочий и участии в контрабанде наркотиков. Брагину предстоит пройти через служебную проверку, которая может привести к возбуждению уголовного дела против него.
На фоне этих событий в Астраханской области пропадает турист Юрий Круглов. Его исчезновение сопровождается загадочными обстоятельствами, которые постепенно связываются с основным сюжетом.