4 сезон сериала «Первый отдел» начинается с отстранения полковника юстиции Юрия Брагина от должности. Его обвиняют в содействии оперативнику Михаилу Шибанову в уклонении от ареста. Шибанов арестован и подозревается в превышении полномочий и участии в контрабанде наркотиков. Брагину предстоит пройти через служебную проверку, которая может привести к возбуждению уголовного дела против него.
На фоне этих событий в Астраханской области пропадает турист Юрий Круглов. Его исчезновение сопровождается загадочными обстоятельствами, которые постепенно связываются с основным сюжетом. Сериал продолжает погружать зрителей в мир сложных расследований и личных драм, показывая внутреннюю борьбу героев между долгом и личными чувствами.