В 4 сезоне сериала Первый отдел Юрий Брагин оказывается в сложной ситуации, когда его коллега Михаил Шибанов обвиняется в тяжких преступлениях. Попытка помочь другу ставит самого Брагина под подозрение, что приводит к его отстранению от работы. В это время Шибанов проходит через судебное разбирательство, связанное с обвинениями в превышении должностных полномочий и участии в преступной группе.
На фоне этих событий в Астраханской области пропадает человек. Исчезновение Юрия Круглова становится важной частью сюжета, постепенно раскрывая неожиданные связи с главными героями. Новый сезон сериала продолжает исследовать мир оперативных расследований и моральные дилеммы, с которыми сталкиваются сотрудники правопорядка.